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Simulation de la dynamique d’isomérisation de molecules en phase-gaz : cas du butane et du bibenzyl

Cyril Falvo, ISMO (Université Paris-Sud, Orsay)

Salle de séminaire IRSAMC, Jeudi 23 Mars, 14h - 15h

Aujourd’hui un large panel de méthodes numériques permet de calculer des profils d’énergies libres pour caractériser des évènements rares le long d’une ou plusieurs coordonnées réactionnelles. Ces méthodes reposent sur des simulations de dynamique moléculaire ou des simulations Monte-Carlo et ont été appliquées à une large variété de systèmes allant des clusters aux biomolécules. La connaissance du potentiel de force moyenne donne directement les propriétés à l’équilibre du système mais ne donne pas directement d’information sur la dynamique et sur les échelles de temps impliquées.

Dans le but de caractériser la dynamique d’isomérisation de systèmes moléculaires, nous étudions la possibilité d’utiliser des simulations de dynamique de Langevin le long du potentiel de force moyenne. En particulier, je présenterai l’exemple de deux molécules simples en phase gaz : la molécule modèle butane ainsi que de la molécule bibenzyl qui présentent une dynamique d’isomérisation entre deux isomères cis/trans. Je discuterai tout d’abord de la notion de taux d’isomérisation en phase gaz puis j’effectuerai une comparaison entre simulations de dynamique moléculaire, dynamique de Langevin et théorie de l’état de transition.